进口到巴拿马的商品在通过巴拿马海关时必须由一家报关行办理结关手续，报关行必须是在巴拿马海关办理过代理报关注册登记，并获批准的具有法人资格的公司或企业。代理行一般须准备下列票证：进口货物的报关单；有关发票；装箱单；进口货物提单或运单。结关程序是，报关行必须向海关提交一份包括全部进口货物的报关单，并附上经过核实的领事发票和提单以及进口商已经缴纳了巴拿马所得税的法律证明。领事发票是驻出口国的巴拿马领事馆签发的一种特定格式的发票，一般包括托运人与收货人的名称与地址、装运港、目的港、运输方式等，标记号码应与提单相符。其作用是证明进口商品是否与原产地相符，证明所填写的货物名称、单价、数量是否属实，还可以作为巴拿马征税的依据。
在进口货物到达巴拿马的24小时之内，报关行若有正当理由不能提交领事发票和提单，则须缴纳两倍于进口税额的保证金，这样才允许办理货物结关手续。报关行若在90天的期限内以适当形式提交了上述规定的文件，保证金将予以退还。进口货物在结清关税后若在24小时之内从海关运走，则要缴纳海关保管费。保管费用必须在货物运走之前结清。当累计的海关保管费与货物的价值相等时，海关将拍卖所保管的进口货物，以抵消货物的保管费。所有到达巴拿马城和科隆市的货物，如果是转装他船，必须储存在政府指定的特殊仓库里。
货物存仓与再出口
一些存放在海关仓库的货物，虽然已被确定为将被重新装船转口，但是在特殊情况下，只要得到巴拿马有关部门的批准以及缴纳了两倍的所有有关费用之后，就可在巴拿马境内销售或消费。只要进口商愿意，货物就可申报存进仓库。如果进口商没有自己的保税仓库，货物可存放在政府开办的仓库中，期限为6个月。如果上述货物在6个月之内没有被再出口或者没有缴纳仓储费，货物将被视为自动放弃。另外，巴拿马政府在巴拿马城建有保税仓库，而且在运河区设有直接把货物交付给经过巴拿马运河货轮的仓库，这些货物也可供在运河区从事这一业务的承包人所消费。
合法进口到巴拿马的商品允许再出口，不需要得到有关部门的特别许可。威士忌、枪支弹药以及那些进入巴拿马受出口国所确定配额限制的产品例外。在巴拿马城和科隆市，从官方或私营保税仓库中提出的货物如果由不足1000吨的货船运送，将不准再出口。在运河区销售的货物以及作为供给品销售给到达终点港口和其他巴拿马港轮船的货物，不被视为再出口，但是这些货物的销售必须得到巴拿马有关部门的特别许可。当货物自进口之日起3个月再出口时，而且其价值超过了50巴波亚(巴拿马货币)，巴政府允许退还已交进口税的95％。
关税制度与处罚
巴拿马实行单栏关税税则，即每一个税目只确定一种税率，适用于来自任何国家的商品，没有差别对待。巴拿马免税进口的物品或产品主要包括：出于饲养目的而进口的动物，土豆籽苗，动物饲料，人或动物所服用的药物，牙科使用的黄金、白金和银，拖拉机，动画片和电影片。地图，蜜蜂，鱼网等。巴拿马的关税种类有：从量税、从价税、销售税和关税附加费以及优惠关税。根据巴拿马关税法，从事制造业的企业可获得投资奖励，其中包括免税进口机器、设备、备用零部件、原材料、半成品、包装材料、燃料以及润滑油。建筑材料、交通工具、办公用品和设备以及任何不用于生产过程中的其他资本品的进口，必须按照规定缴纳相关的关税。
巴拿巴海关一旦发现某进口商有欺骗行为，如改变商品的价值与重量，或以一种商品替代另一种商品，或逃避完税等，将给予处罚没收商品，或加收正常关税额的一倍，或根据情节征收一定数额的罚款。若领事发票不是按照规定的形式提交给海关，海关将征收发票总价值10％的关税附加费。
自由贸易区及其管理
巴拿马科隆自由贸易区始建于1948年，现已成为西半球最大的自由贸易区，是世界上仅次于香港的第二大自由港和免税地区。科隆自由贸易区管理非常严密，采取的安全措施也非其他国家自由贸易区所能比拟。区内设管理委员会，负责管理和组织本国和外国企业从事进口、展销、制造、装配和转口业务，为办公机构出租和修建住房、厂房、出租地皮、批准外国人在区内经商等。巴拿马是世界上罕见的无本国货币的国家，没有外汇管制和对外资的限制，做生意十分方便，大家都使用美元，无需兑换。另外，区内为外国公司从事进出口和其他业务提供了诸多方便，如区内建有可供外商租用的数十座仓库，租期一般为20年，到期还可续租；允许外国公司从事各种商品、制成品、原材料、容器办理运入、储存、展出、开包、制造、包装、分装、装配、精制、净化、混合、改型、调配等业务。
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